Real-Time PCR primer design for rapid and specific identification of the emerging pest Drosophila simulans (Insecta)

The invasive pest Drosophila simulans is a dangerous insect for territory of Russian Federation and many countries.A large proportion of suspected Drosophilade in transit or discovered in orchard surveys are in the larval stages, as their feeding leads to observable damage to the produce (13). A real-time PCR protocol was set up using two D. simulans positive control samples(from different DNA and region) as well as several non-target species samples as negative controls (Table 2). The designed primer pairs that amplify D. simulans were used in a real-time PCR run on a CFX96 Touch Real-time platform (BioRad, Hercules, CA, USA). Optimization gradients of temperature (55-65°C). We developed and validated a rapid, highly sensitive and specific assay based on Real-time PCR. Based on DNA sequence polymorphisms, the findings of the Real-time PCR have shown that this pair of primers (5. ds) classify the exact region of the gene as well as the specific Drosophila simulans primer. The real-time method is a fastand accurate way to identify the molecular nature of a Drosophila simulans; and given that no primer has yet been developed that accurately identifies the Drosophila simulans, this primer can be very useful for researchers. We suggest using this guide in the Russian Federation and other countries in quarantine and in the other academic institutes.

Инвазионный вредитель Drosophila simulans-опасное насекомое для территории Российской Федерации и многих стран. Большая часть предполагаемых дрозофил, находящихся в пути или обнаруженных приобследовании садов, находятся в стадии личинок, так как их кормление приводит к заметному повреждению продукта (13). Протокол ПЦР в реальном времени был создан с использованием двух положительных кон- трольных образцов D. simulans (из разных ДНК и регионов), а также нескольких образцов нецелевых видовв качестве отрицательных контрольных образцов. Разработанные пары праймеров, усиливающие D. simulans, были использованы в ПЦР-тестировании в реальном времени на платформе CFX96 Touch Real-time(Bio Rad, Hercules, CA, США). Мы разработали и валидировали быстрый, высокочувствительный и специфичный анализ, основанный на ПЦР в реальном времени. Основываясь на полиморфизмепоследовательности ДНК, результаты ПЦР в реальном времени показали, что эта пара праймеров (5. ds) может классифицировать точную область гена, а также специфический праймер Drosophila simulans. Метод реального времени-это быстрый и точный способ определить молекулярную природу симуляторов дрозофилы; а учитывая, что до сих пор не был разработан праймер, который бы точно идентифицировал симулянтов дрозофилы, этот праймер может быть очень полезен для исследователей. Мы рекомендуем использовать данную методику в лабораториях карантинных служб и институтовРоссийской Федерации и других стран.

Publisher
Общество с ограниченной ответственностью ТУМА ГРУПП
Number of issue
2
Language
English
Pages
31-34
Status
Published
Volume
44
Year
2020
Organizations
  • 1 Peoples’ Friendship University of Russia
  • 2 All-Russian Plant Quarantine Centre (VNIIKR)
Keywords
Drosophila simulans; real-time PCR; primer design; Real-time ПЦР; разработка дизайна праймеров
Date of creation
02.11.2020
Date of change
28.02.2021
Short link
https://repository.rudn.ru/en/records/article/record/68627/
Share

Other records

Пизенгольц В.М., Новикова М.Н., Мельников В.Ю.
Теоретические и прикладные проблемы агропромышленного комплекса. Общество с ограниченной ответственностью ТУМА ГРУПП. 2020. P. 49-53
Бурлуцкий В.А., Мазуров В.Н., Семешкина П.С., Пэлий А.Ф., Бородина Е.С., Диоп А., Шатохин А.Ю.
Теоретические и прикладные проблемы агропромышленного комплекса. Общество с ограниченной ответственностью ТУМА ГРУПП. Vol. 44. 2020. P. 6-10