В рамках диссертационного исследования изучены и обобщены теоретические и практические аспекты эффективного управления инновационной деятельностью компаний. Обоснована концепция эффективной системы управления инновационной деятельностью компании. Определены современные тенденции развития инновационной деятельности в Российской Федерации в сравнении с зарубежным опытом. На основе стратегии инновационного развития предложена поэтапная методика оценки эффективности инновационной деятельности. Разработаны рекомендации по совершенствованию использования экономических инструментов обеспечивающих реализацию эффективной инновационной деятельности компании. Предложена система стратегического управления инновационной деятельностью компании, включающая несколько этапов разработки и реализации инновационной стратегии компании. Разработана структурно-логическая модель системы управления инновационной деятельностью компании, сочетающая принципы, функции и подсистемы: экономической, организационной, мотивационной и институциональной направленности.