Цель работы заключалась в выявлении структурных и функциональных особенностей сообществ входных экотонных зон карстовых пещер Черногории. Основным результатом является комплексная диагностика сообществ входных зон ряда пещер Черногории, а также «ламповой флоры» пещеры Липска. Выявлен видовой состав фототрофов и микромицетов входных зон нативных пещер и входной зоны и «ламповой флоры» пещеры Липска. В видовом составе преобладают цианобактерии, сходство видового состава и структуры фототрофов входных зон пещер Черногории низкое, наибольшее сходство наблюдается в пещерах со сходной морфологией входных зон. Установлено высокое сходство видового состава микромицетов воздуха и субстратов фотических зон нативных пещер, в то время как в афотических зонах сходство видового состава отмечено только на субстратах пещер со сходной морфологией входной зоны. Выделены основные типы сообществ во входных фотических зонах нативных пещер, установлено влияние эдафического фактора на состав сообществ. Оценены потоки углерода в сообществах и на субстратах. Выявлены доминирующий вклад микромицетов в гетеротрофное дыхание, отмечен рост гетеротрофного дыхания в зимний период. Значимых сезонных изменений в дыхании фототрофов не обнаружено. Значения валовой первичной продукции превышали валовое дыхание во всех сообществах, сообщества функционируют как сток углерода в оба сезона. Полученные в диссертационной работе данные и адаптированные методики могут быть применены для комплексного анализа сообществ карстовых экосистем, сообщества входных зон карстовых пещер могут быть использованы в качестве индикаторных для оценки антропогенного воздействия при минимальных стрессовых факторах, полученные данные представляют особую ценность для разработки курсов общей экологии и экологии микроорганизмов.