На основе теоретических и экспериментальных исследований предложены методические подходы к решению проблем в области управления процессами аптечной организации. Разработана концепция совершенствования системы управления процессами аптечной организации на основе использования сбалансированной системы показателей (ССП). Представлена методика анализа конкурентоспособности аптечной организации. Определены методологические основы построения базисных факторных моделей управления процессами аптечных организаций на основе ССП. Приведены количественные параметры оценки интерактивных показателей при взаимодействии аптечных работников с клиентской базой, профессиональных и личностных характеристик фармацевтических специалистов при подборе кадров работодателями, степени готовности студентов к профессиональной деятельности провизора. Разработана методика построения бонусной формы оплаты труда в аптечных организациях на основе ССП. Разработанный методический комплекс используется в практической фармации и в учебном процессе вузов.