Количественный анализ уровня вирусной нагрузки SARS-CoV-2 в легких умерших пациентов с COVID-19

Цель исследования: провести у умерших пациентов с COVID-19 количественный анализ уровня вирусной нагрузки (ВН) SARS-CoV-2 в тканях легких и оценку его связи с характером гистологических изменений в легких и продолжительностью пребывания в ОРИТ до наступления летального исхода. Материалы и методы. В качестве материала использованы срезы фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей легких 36 умерших пациентов с COVID-19. Количественная оценка уровня ВН SARS-CoV-2 проведена с использованием оригинального способа кПЦР РВ. ВН рассчитана по формуле: число копий SARS-CoV-2/число копий ABL1 × 100, выражена отношением истинного числа копий кДНК SARS-CoV-2 на 100 копий кДНК гена ABL1. Результаты. В случаях с отсутствием комплекса гистологических изменений, характерных для диффузного альвеолярного повреждения легких (ДАП), частота выявления РНК SARS-CoV-2 и средний уровень ВН SARS-CoV-2 составили 62,5% (5 из 8 наблюдений) и 104,75 (диапазон 0-313) копий кДНК SARS-CoV-2 на 100 копий кДНК человеческой гена ABL1. Средний уровень ВН SARS-CoV-2 в легких с преобладанием гистологических изменений, характерных для пролиферативной и экссудативной фазы ДАП, отличался в 60 раз и составил 909 (18-2 657) и 54 924 (834-250 281) копий кДНК SARS-CoV-2 на 100 копий кДНК человеческой ABL1 соответственно. Среднее время, проведенное в отделении реанимации и интенсивной терапии у группы пациентов с экссудативной и пролиферативной фазами ДАП, составляло 10,64 (1-22) и 8,14 (1-21) койко-дня соответственно. Частота выявления РНК SARS-CoV-2 у пациентов с ДАП легких составила 100%.

The objective: to perform quantitative analysis of SARS-CoV-2 viral load (VL) levels in lung tissues in deceased patients with COVID-19 and to evaluate its association with the nature of histological changes in the lungs and the duration of stay in ICU till the lethal outcome. Subjects and Methods. Sections of formalin-fixed and paraffin-embedded lung tissues of 36 deceased patients with COVID-19 were used. The SARS-CoV-2 viral load was quantitatively assessed using the original qPCR. VL was calculated using the following formula: copies SARS-CoV-2 / copies ABL1 × 100, expressed as the ratio of the true number of SARS-CoV-2 cDNA copies per 100 copies of ABL1 gene cDNA. Results. In cases with no histological changes typical of diffuse alveolar lung injury (DAI), the detection rate of SARS-CoV-2 RNA and the average level of the SARS-CoV-2 viral load were 62.5% (5 out of 8 observations) and 104.75 (range 0-313) copies of SARS-CoV-2 cDNA per 100 copies of human ABL1 gene cDNA. The average level of the SARS-CoV-2 viral load in the lungs with prevailing histological changes characteristic of the proliferative and exudative phases of DAI differed by 60 times and amounted to 909 (18-2,657) and 54,924 (834-250,281) copies of SARS-CoV-2 cDNA per 100 copies of human ABL1 cDNA, respectively. The average duration of stay in the intensive care unit in the group of patients with exudative and proliferative phases of DAI was 10.64 (1-22) and 8.14 (1-21) bed-days, respectively. The detection rate of the SARS-CoV-2 RNA in patients with diffuse alveolar lung injury was 100%.