Морфонология как отдельная языковедческая дисциплина зародилась на рубеже XIX—XX вв. благодаря трудам филологов-лингвистов, обосновавших статус фонемы и морфемы, пополнивших список абстрактных единиц языковой системы. Неслучайно эта дисциплина сложилась на основе теории фонетических альтернаций, или чередований, так как обе единицы обнаружили тесную взаимосвязь и явную вариативность в отношении звуковой формы.
Morphonology as an independent linguistic discipline evolved at the turn of the XIX—XX centuries due to the studies and writings of philologists and linguists, who had revealed and stated the phoneme and morpheme as abstract units of language system. Not coincidentally, this discipline was based on the theory of phonetic alternations as both units demonstrated deep interaction and vivid variations in respect to their sound form.