В статье освещаются теоретические подходы к определению наукоёмкости и инновационной деятельности организаций. Рассмотрены законодательные аспекты, характеризующие процесс отнесения деятельности предприятия к инновационной. Авторы приходят к выводу, что критерии отнесения организаций к наукоёмким не идентичны критериям осуществления ими инновационной деятельности. В статье предпринята попытка выработать авторские критерии инновационной деятельности, не противоречащие общемировым научным тенденциям, но учитывающие специфику современной российской экономики. В статье рассмотрены вопросы, связанные с проблемой неопределенности, возникающей в процессе выявления инновационной составляющей в структуре основной деятельности наукоёмких организаций, специализирующихся на оказании услуг по разработке, конструированию новой продукции для заказчиков. Авторы показывают, что в составе НИОКР именно опытноконструкторские работы характеризуют инновационную деятельность наукоёмкой организации, так как связаны с конструирование опытного образца новшества. Авторами предложен применимый на практике оригинальный алгоритм, основывающийся на комбинации и последовательном применении принципов подбора аналога и анализа потребительских свойств изделия. Предлагаемый инструмент может играть важную роль в стратегическом планировании и оценке эффективности инновационной деятельности современных наукоёмких организаций.