В настоящей статье автором рассматриваются вопросы организации муниципального контроля в контексте муниципально-правовых отношений в закрытых административно-территориальных образованиях. Дается обзор основных нормативных правовых актов в сфере муниципального контроля в закрытых административно-территориальных образованиях на федеральном и региональном уровнях. Исследуются вопросы общей компетенции органов местного самоуправления закрытых административно-территориальных образований в контексте проведения муниципального контроля. Автором подчеркивается, что структура, порядок формирования, полномочия и ответственность органов местного самоуправления городского округа закрытого административно-территориального образования определяются в соответствии с законодательством по вопросам местного самоуправления с учетом особенностей. Автор рассматривает вопросы особенностей ведения органов государственной власти и органов местного самоуправления в закрытых административно-территориальных единицах. Подчеркивается, что органы местного самоуправления на данных территориях согласовывают ряд планов и иных документов с федеральными органами исполнительной власти, в ведении которых находятся расположенные в образовании предприятия и (или) объекты. Также рассматриваются и анализируются иные особенности, имеющие значение для безопасной работы и проживания граждан в закрытом административно-территориальном образовании и зонах воздействия, могут устанавливаться федеральными органами исполнительной власти и органами местного самоуправления в пределах их полномочий по осуществлению различных видов муниципального контроля. В заключении автор делает вывод о том, что несмотря на тесное взаимодействие органов местного самоуправления и органов государственной власти в закрытых административно-территориальных образованиях, различные виды муниципального контроля остаются важной функцией местного самоуправления как самостоятельной и независимой формы публичной власти.