ПРИМЕНЕНИЕ IN SILICO МЕТОДОВ ДЛЯ МОДЕЛИРОВАНИЯ МЕХАНИЗМОВ ДОКИНГА ЛЕВОФЛОКСАЦИНА АНТИБАКТЕРИАЛЬНОГО ДЕЙСТВИЯ С АКТИВНЫМ ЦЕНТРОМ РЕЦЕПТОРА

В данной работе приведены результаты in silico методов молекулярного моделирования для поиска центров связывания ДНК-гиразы II с молекулой левофлоксацина, антимикробного средства класса фторхинолонов 3-го поколения. Методами компьютерного моделирования посредством молекулярного докинга найден сайт связывания с аминокислотным остатком в активном центре белка-рецептора [1-3]. Применение in silico методов позволило в короткий срок обнаружить потенциальные сайты связывания рецептора для стыковки с молекулой левофлоксацина, а также подтвердить уже известный активный центр «в кармане» ДНК-гиразы II. Данный подход обеспечивает высокую прогнозирующую способность математического моделирования для определения лиганд-рецепторного взаимодействия [4].

APPLICATION OF IN SILICO METHODS FOR MODELING THE MECHANISMS OF ANTIBACTERIAL LEVOFLOXACIN DOCKING WITH THE ACTIVE CENTER OF THE RECEPTOR

This paper presents the results of in silico molecular modeling methods to search for binding centers of DNA gyrase II with a molecule of levofloxacin, an antimicrobial drug of the class of fluoroquinolones of the 3rd generation. The binding site with the amino acid residue is mentioned in scientific articles. The active center of the receptor protein was found by computer modeling methods via molecular docking [1-3]. The usage of in silico methods made it possible in a short time to detect potential binding sites of the receptor for docking with the levofloxacin molecule, as well as to confirm the already known active center in the «pocket» of DNA gyrase II. This approach provides a high predictive ability of mathematical modeling to determine the ligand-receptor interaction [4].