Целью исследования является определение путей создания системы сквозного таможенного контроля, которая позволила бы повысить эффективность работы таможенных органов и повысить уровень экономической безопасности государства. В результате анализа системы таможенного контроля были выявлены проблемы, которые не позволяют повысить эффективность таможенного контроля и уровень экономической безопасности государства. Для их решения предлагается усовершенствовать подходы к сбору первичной информации в пунктах пропуска через государственную границу на основе использования инструментов объективного контроля и обеспечить ее доступность при проведении последующих таможенных операций, в том числе при декларировании товаров и во время таможенного контроля после выпуска товаров.