В данной публикации дается краткий обзор изменений в системе государственного управления Российской Федерации за последнее десятилетие. Со ссылками на нормативно-правовую базу в статье обосновывается курс современной государственной политики, основанный на определении ведущей роли научно-технологического развития посредством формирования современной системы управления научно-исследовательским потенциалом Российской Федерации. В статье проводится анализ институциональных изменений, направленных на реформацию атомной отрасли и создание условий для успешного функционирования атомно-энергетического кластера Российской Федерации. В публикации раскрывается современный механизм управления потенциалом научно-исследовательского комплекса атомно-энергетического кластера Российской Федерации, а также приведены существующие проблемы по вопросу эффективности его использования. В статье отражены последствия недостаточности финансового обеспечения и недоиспользования существующего научно-исследовательского потенциала, а также обоснована потребность совершенствования механизма управления потенциалом научно-исследовательского комплекса атомно-энергетического кластера Российской Федерации.