МЕТОДОМ полимеразной цепной реакции (ПЦР) исследована слизистая оболочка ротовой полости и гастродуоденальной области 205 пациентов с различной патологией (гингивит, пародонтит, гастрит и эрозивно-язвенные изменения). Обнаружено, что ведущую роль в развитии хронического воспалительного процесса в полости рта играют бактериальные микроорганизмы с преимущественно внутриклеточной локализацией, в то время как роль вирусов более значима в развитии острого процесса. Исследование биопсийного материала слизистой оболочки гастродуоденальной области показало высокую встречаемость (до 80%) патогенных штаммов H. pylori и вирусов герпеса (вируса Эпштейна-Барр, вирусов герпеса человека: ВГЧ-6, ВГЧ-7, ВГЧ-8) в различных сочетаниях. В таких случаях необходим выбор адекватной антибактериальной и антивирусной терапии с индивидуальным подбором иммуномодуляторов. MUCOUS membrane of oral cavity and gastroduodenal region of 205 patients with different pathology (gingivitis, paradontitis, gastritis and erosive ulcer alterations) was investigated by polymerase chain reaction (PCR). Bacterial microorganisms are the main cause for the development of chronic inflammatory process in the oral cavity with the predominantly intracellular localization, while the role of viruses in the development of acute process is more significant. Studies of the gastroduodenal mucous membrane biopsy material showed high occurrence (to 80%) of H. pylori and Herpesviridae pathogenic strains. (EBV, HHV-6, HHV-7, HHV-8) in various compositions. In this case it is necessary to select the adequate tactics of treatment with the designation of both antibacterial and antiviral preparations with individual selection of immunomodulators.