Приведено описание структуры разрабатываемой высокопроизводительной программной библиотеки для интеллектуального анализа данных магнитно-резонансной томографии головного мозга. Библиотека предназначена для решения ряда задач, включая: автоматическое выделение и распознавание областей интереса, автоматическое измерение статистических характеристик этих областей, 2D- и SD-когнитивная визуализация, моделирование движения мезенхимальных стволовых клеток, высокопроизводительная обработка данных, создание графического интерфейса для интеллектуальной поддержки врачей-исследователей. За основу программных реализаций, положенных в основу библиотеки, взяты методы прогнозирования ситуации, искусственные нейронные сети глубокого обучения и когнитивная графика. Библиотека даст возможность врачам-исследователям наблюдать характер воздействия стволовых клеток на зону ишемического поражения, моделировать лечебные процессы и проверять различные гипотезы.