В статье приводится краткая характеристика современного состояния экологической преступности в Российской Федерации в области использования и охраны водных ресурсов. При этом среди всех преступлений, связанных с охраной и использованием водных ресурсов, основное место занимает незаконная добыча водных биологических ресурсов. Обращается внимание на низкую эффективность применения мер уголовной ответственности за совершение экологических преступлений в области использования и охраны водных объектов, что в значительной мере связано с неверной оценкой степени их общественной опасности. Рассматривается развитие судебной экологии как самостоятельного научного направления. Анализируются основные проблемы, связанные с практической реализацией судебно-экологической экспертной деятельности. Предлагается инновационная междисциплинарная система подготовки «универсальных» специалистов, способных применить знания экологии в процессе судопроизводства.